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FLAG由8个氨基酸组成，可通过加入肠激酶处理去除该标签。

FLAG peptide是一个多肽（Asp-Ty-rLys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys）由八个氨基酸组成，具有肠激酶切割位点，可用于抗体介导的重组蛋白识别和纯化。FLAG peptide是一种高酸性八肽，可以在N端融合到目标蛋白质上。作为一种非常亲水的肽，Flag-tag具有很高的表面可能性。在Ca²⁺存在下，可通过免疫亲和柱捕获标志融合蛋白，并在低浓度，中性pH和接近生理条件下用EDTA洗脱。

FLAG标签肽（FLAG tag Peptide）是一个含有肠激酶酶切位点的8肽（Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys），专门用于免疫亲和层析。FLAG标签肽融合系统主要用于蛋白鉴定与纯化。融合蛋白的洗脱主要通过两种方式：以钙离子依赖的方式，通过抗体介导的亲和层析（降低pH）；用合成的多肽进行竞争性洗脱。FLAG标签肽允许在非变性的条件下进行洗脱。

标签肽必须有以下特点：第一，标签部分不应该干扰与其连接的蛋白质的天然折叠构象。第二，标签肽序列应该是水溶性的，应该最大程度的暴露于蛋白表面，以便其容易与配体相互作用。它应该适于温和且便宜的亲和纯化过程。最后，标签肽必须容易去除，从而获得天然产物。由于标签肽的小尺寸，可以由单个合成的寡核苷酸进行编码。在抗原抗体相互作用中，芳香族氨基酸起到重要的作用。

标签肽序列中第三位置的赖氨酸引导一个六肽序列，它确保该标签序列的最大亲水性。该亲水序列显示了强抗原性，也采用了高暴露的蛋白三维构象。FLAG的另一个优点是可以用肠激酶处理去除这个标签，得到含有真正N末端的融合蛋白。FLAG标签可以与融合蛋白的N端或C端进行融合。然而，N端融合有几个优点。抑制ELISA实验表明，当第一个氨基酸的α-氨基游离时，抗-Flag抗体M1可以结合3-4个Flag。

FLAG肽是一种具有肠激酶切割位点的八个氨基酸的肽，是一种常用的亲水性和免疫原性融合标签，专门设计用于促进免疫亲和层析的快速纯化。

FLAG peptide, an eight amino acids peptide with an enterokinase-cleavage site, is a frequently applied hydrophilic and immunogenic fusion tag which was specifically designed to facilitate rapid purification by immunoaffinity chromatography.