Fmoc化学是由Eric Atherton和Bob Sheppard在1970年代后期在剑桥大学分子生物学实验室开发的，并经过Chan和White的审查（《 Fmoc固相肽合成–一种实用方法》，牛津大学出版社，2000年）。
在Fmoc固相肽合成中，肽链逐步连接，一次连接一个氨基酸，同时连接至不溶性树脂载体。这允许在每个步骤通过简单的洗涤除去反应副产物。氨基酸在其氨基末端被Fmoc（9-芴基甲氧基羰基）基团保护，并在羧酸末端活化后与生长链偶联。然后通过哌啶处理除去Fmoc基团并重复该过程。肽组装完成后，可通过用三氟乙酸（TFA）处理将其从树脂上除去。同时，氨基酸侧链上的保护基也被除去，得到粗线性肽。通过反相HPLC一步纯化通常足以获得纯度> 95％的肽。
Fmoc合成反应温和，灵活且用途广泛，因此比替代Boc化学方法提供了更多的合成选择。例如，TFA在裂解过程中仅使用一次，而在Boc过程中，每个周期都使用它。
